Patrón de Lugo, cidade na que naceu no ano 833, San Froilán é un símbolo de devoción, de festa e de historia. Este fundador de mosteiros que protagonizou varios milagres (o máis famoso, o da domesticación do lobo xunto ao cal é representado habitualmente) e que chegou a ser bispo de León desde o ano 900 ata a súa morte no 904, segue moi presente na cidade da Muralla a través dos famosos festexos aos que dá nome e da parroquia e a igrexa homónimos. Pero o seu templo non sempre estivo dedicado a San Froilán, senón que a súa historia é anterior á súa designación como parroquia e ábrenos as portas a outro edificio moi importante na historia da cidade, aínda que xa desaparecido.
De feito a escultura que preside a fachada da igrexa non representa a San Froilán, senón a San Bartolomé. Isto é así porque era San Bartolomé quen daba nome ao hospital do que formaba parte orixinariamente o templo e de cuxa fundación se cumpren agora 400 anos. Foi o 7 de abril de 1621 cando o bispo lucense, Alonso López Gallo, realizou unha doazón para a edificación dun recinto para atender aos enfermos. Daba así os seus primeiros pasos o proxecto para construír un edificio que debía aglutinar os diversos hospitais medievais que por aquel tempo existían na cidade. López Gallo, que administrara xa outros centros nos seus destinos anteriores, estableceu que o novo hospital lucense debería atender tamén aos numerosos peregrinos que atravesaban a cidade na súa ruta cara a Santiago de Compostela.
Os restos da antiga Torre do Conde, propiedade dos Condes de Lemos, e o espazo próximo á Porta Falsa da Muralla onde se atopaba acolleron o novo hospital, que entrou en funcionamento nos anos 30 do século XVII. A Congregación dos Irmáns Obregones fíxose cargo da súa xestión case desde os seus inicios e posteriormente foron os membros da Orde de San Xoán de Deus os que asumiron esa responsabilidade.
A relixión, como era habitual na época, xogaba un papel destacado na asistencia que alí se prestaba aos enfermos. Inicialmente foi habilitada unha capela dentro do propio edificio rehabilitado dos Condes de Lemos, pero a mediados do século XVIII, cos monxes de San Xoán de Deus xa á fronte e o apoio do bispo Francisco Izquierdo e Tavira, decidiuse construír unha nova igrexa. Comezaba así a edificación do templo que con poucas variacións chegou ata os nosos días. Descoñécese a súa autoría, pero os expertos identifican trazas do barroco compostelán na súa fachada harmoniosa e apuntan á participación na súa construción do arquitecto frei Manuel de los Mártires ou de alguén do seu círculo. De los Mártires participara en destacados proxectos en Santiago de Compostela, como os traballos no convento San Domingos de Bonaval, dos que foi mestre de obras, pero tamén deixou a súa pegada en varias actuacións acometidas en Lugo.
A igrexa formou parte do conxunto do hospital ata que un incendio declarado a madrugada do 24 de marzo do ano 1857 afectou a parte das instalacións destinadas ao coidado dos enfermos iniciando así a conta atrás para o peche do centro. Os danos foron limitados, pero a antigüidade do edificio e a falta de recursos para reparalo propiciaron que os intentos por asegurar a súa supervivencia levados a cabo nos anos seguintes resultasen infrutuosos. Finalmente, en 1877 o concello de Lugo ordenaba a derriba do hospital poñendo así fin a case 250 anos de existencia. A igrexa perdía a súa razón de ser orixinal e pasaba a converterse no templo parroquial de San Froilán. Aínda que a estatua de San Bartolomé e o escudo da orde de San Xoán de Deus que se poden ver na súa fachada lémbrannos o pasado deste emblemático templo que na actualidade comparte muros co colexio da Milagrosa.
