A construción deste claustro remóntase á primeira metade do século XIV, o que o converte na peza máis antiga do convento do que toma o seu nome, aínda que a súa historia comeza case 100 anos antes, debido a que foi en 1237 cando os franciscanos chegaron a Ourense. As súas disputas políticas e relixiosas co bispo Pedro Yáñez de Novoa propiciaron que as primeiras dependencias que tiñan levantado fosen destruídas só unhas décadas máis tarde (a finais do século XIII), así que o claustro que chegou aos nosos días é parte xa do novo convento construído tras a intervención do Papa Clemente V. 

As súas obras prolongáronse por espazo dun cuarto de século (de 1325 a 1350) e o claustro comparte coa igrexa de San Francisco (1348) o seu estilo románico-gótico e unha historia na que sobresaen dous curiosos acontecementos. O primeiro tivo lugar no século XIX por mor da desamortización dos bens da Igrexa e das ordes relixiosas. O convento, que sufrira diversas modificacións e ampliacións co pasar dos anos, pero que mantivera o seu uso relixioso orixinal, foi reconvertido en cuartel de infantería en 1843. E así o claustro polo que durante séculos pasearan os monxes franciscanos sumidos nas súas oracións pasou a ser ocupado polos militares. Esta situación mantívose durante case un século e medio.

O outro acontecemento destacado para a configuración do lugar ocorrería xa no primeiro terzo do século XX. En 1923, tanto o claustro e a igrexa foron declarados monumento nacional, pero iso non impediu que a historia de estas dúas construcións tomase camiños diferentes pouco despois ata conducirnos á situación actual. As autoridades da época decidiron recolocar a igrexa nunha nova localización de tal forma que no ano 1929 foi trasladada pedra a pedra ata o seu emprazamento actual, nun lateral do parque de San Lázaro, deixando ao claustro orfo do recinto de culto que o acompañaba durante case 6 seis séculos.

Despois da marcha dos militares, na década dos anos 80 do século pasado, o claustro pasou por unha etapa de abandono, pero tras diversos avatares burocráticos por fin foi recuperado, posto en valor e aberto ao público hai agora algo menos dunha década. Desde entón, os veciños de Ourense e os visitantes da cidade puideron descubrir a súa historia e contemplar todos os detalles arquitectónicos e escultóricos que propiciaron que o lugar está considerado como un dos claustros de estilo románico-gótico máis importantes e mellor conservados de Galicia. 

As columnas dobres que, salvo catro columnas únicas, forman case todo o conxunto suxeitando 63 arcos en total e a coidada e variada decoración dos seus capiteis son os seus dous elementos máis significativos. Criaturas mitolóxicas e animais pouco frecuentes nestas ornamentacións, como elefantes, ademais de motivos vexetais e escenas do antigo testamento atraen a mirada dos visitantes e convídano a coñecer un relato que fala do pecado e da loita do ben e do mal.

O claustro comparte ademais espazo con outros lugares de gran interese cultural que fan aínda máis recomendable a visita. A un costado atópase o moderno auditorio municipal inaugurado no ano 2005 e que se converteu nun dos epicentros da vida cultural local. E ao outro pódese ver o cemiterio de San Francisco, un camposanto que foi bendicido a comezos do século  XIX e declarado Ben de Interese Cultural no ano 2000. Paseando entre os seus xardíns e as súas monumentais tumbas é posible coñecer o lugar de descanso de personaxes ilustres como Branco Amor, Otero Pedrayo e Vicente Risco, entre outros.