Patrón de Lugo, ciudad en la que nació en el año 833, San Froilán es un símbolo de devoción, de fiesta y de historia. Este fundador de monasterios que protagonizó varios milagros (el más famoso, el de la domesticación del lobo junto al cual es representado habitualmente) y que llegó a ser obispo de León desde el año 900 hasta su muerte en el 904, sigue muy presente en la ciudad de la Muralla a través de los famosos festejos a los que da nombre y de la parroquia y la iglesia homónimos. Pero su templo no siempre estuvo dedicado a San Froilán, sino que su historia es anterior a su designación como parroquia y nos abre las puertas a otro edificio muy importante en la historia de la ciudad, aunque ya desaparecido.
De hecho la escultura que preside la fachada de la iglesia no representa a San Froilán, sino a San Bartolomé. Esto es así porque era San Bartolomé quien daba nombre al hospital del que formaba parte originariamente el templo y de cuya fundación se cumplen ahora 400 años. Fue el 7 de abril de 1621 cuando el obispo lucense, Alonso López Gallo, realizó una donación para la edificación de un recinto para atender a los enfermos. Daba así sus primeros pasos el proyecto para construir un edificio que debía aglutinar los diversos hospitales medievales que por aquel tiempo pervivían en la ciudad. López Gallo, que había administrado ya otros centros en sus destinos anteriores, estableció que el nuevo hospital lucense debería atender también a los numerosos peregrinos que atravesaban la ciudad en su ruta hacia Santiago de Compostela.
Los restos de la antigua Torre del Conde, propiedad de los Condes de Lemos, y el espacio próximo a la Puerta Falsa de la Muralla donde se encontraba acogieron el nuevo hospital, que entró en funcionamiento en los años 30 del siglo XVII. La Congregación de los Hermanos Obregones se hizo cargo de su gestión casi desde sus inicios, y posteriormente fueron los miembros de la Orden de San Juan de Dios quienes asumieron esa responsabilidad.
La religión, como era habitual en la época, jugaba un papel destacado en la asistencia que allí se prestaba a los enfermos. Inicialmente fue habilitada una capilla dentro del propio edificio rehabilitado de los Condes de Lemos, pero a mediados del siglo XVIII, con los monjes de San Juan de Dios ya al frente y el apoyo del obispo Francisco Izquierdo y Tavira, se decidió construir una nueva iglesia. Comenzaba así la edificación del templo que con pocas variaciones ha llegado hasta nuestros días. Se desconoce su autoría, pero los expertos identifican trazas del barroco compostelano en su fachada armoniosa y apuntan a la participación en su construcción del arquitecto fray Manuel de los Mártires o de alguien de su círculo. De los Mártires había participado en destacados proyectos en Santiago de Compostela, como los trabajos en el convento San Domingos de Bonaval, de los que fue maestro de obras, pero también dejó su huella en varias actuaciones acometidas en Lugo.
La iglesia formó parte del conjunto del hospital hasta que un incendio declarado la madrugada del 24 de marzo del año 1857 afectó a parte de las instalaciones destinadas al cuidado de los enfermos iniciando así la cuenta atrás para el cierre del centro. Los daños fueron limitados, pero la antigüedad del edificio y la falta de recursos para repararlo propiciaron que los intentos por asegurar su supervivencia llevados a cabo en los años siguientes resultasen infructuosos. Finalmente, en 1877 el ayuntamiento de Lugo ordenaba el derribo del hospital poniendo así fin a casi 250 años de existencia. La iglesia perdía su razón de ser original y pasaba a convertirse en el templo parroquial de San Froilán. Aunque la estatua de San Bartolomé y el escudo de la orden de San Juan de Dios que se pueden ver en su fachada nos recuerdan el pasado de este emblemático templo que en la actualidad comparte muros con el colegio de la Milagrosa.